可根据肠痉挛的评分结果决定治疗，评分参照哭吵的强度和持续时间、哭吵的伴随症状、父母对孩子哭吵的看法，如果哭吵与肠痉挛有关，但哭吵不剧用第一、第二级治疗方案；如果是严重肠痉挛者，采用第三级治疗；
一、第一级治疗 给孩子以抚慰、摇动孩子，减低环境噪音、用热水袋捂婴儿腹部；对家长给予支持和关心；可服用中药或二甲基硅油，一些中药具有解痉作用，服用中药（洋甘菊、马鞭草、甘草、茴香、香峰草及薄荷组成的粉末）7天后，肠痉挛改善，但夜醒次数未见减少。
二甲基硅油是一种非吸收性药物，通过改变气泡表面张力，使气泡融合或弥散，促进气体排出，对人体无副作用，试图用它来减少肠道气体，但有关它的研究结果并不一致，用二甲基硅油与安慰剂做自身交叉对照研究，1/4-2/3患儿症状有改善，但与安慰剂相比，无明显差异，其他减少肠道气体的药物如活性碳，α-半乳糖苷酶能吸附气体或帮助消化高纤维素食物，减少发酵产气，但目前对肠痉挛的疗效尚不肯定。
二、第二级治疗 即药物治疗，可用解痉药（如西托溴铵）能阻断平滑肌的毒蕈碱型受体，还可直接作用于平滑肌，解除平滑肌痉挛，无效者可用盐酸双环胺，它作为一种抗胆碱能药物，具有阿托品样的解痉作用，并有一定的中枢安定作用，在治疗婴儿肠痉挛方面有一定的疗效，但近来有研究发现，6个月以下的婴儿用此药可发生呼吸暂停，使此药的应用受到限制，至今尚无一种完全有效的药物来治疗肠痉挛，
三、第三级治疗 改变饮食和/或药物治疗，母乳喂养的母亲不食用牛奶、奶制品、鱼和蛋；人工喂养儿给予豆奶或水解酪蛋白的奶方，能明显改善婴儿肠痉挛，对于CMPI引起的肠痉挛者，去除牛奶蛋白、改用豆奶或水解蛋白后，71%-88%的患儿症状有改善，由于药物治疗（如盐酸双环胺）有一定的副作用，而且有时疗效不理想，饮食改变可能比用药更适宜。
